Zasady kwalifikowania publikacji w Wydawnictwie Uniwersytetu Jagiellońskiego mają na celu zapewnienie najwyższej jakości merytorycznej i technicznej wydawanych publikacji naukowych. Wydawnictwo stosuje odmienne ścieżki kwalifikacji w zależności od charakteru zgłaszanej publikacji.
Ścieżka 1 - Publikacja wydawana w serii wydawniczejEtap 1Tekst trafia do redaktora naukowego/komitetu redakcyjnego serii, który ocenia pracę nie tylko pod kątem jej wartości merytorycznej, nowatorskiego ujęcia tematu i poprawności wywodu, lecz także decyduje, czy wpisuje się ona w przyjętą strategię rozwoju serii. Redaktor naukowy/komitet redakcyjny serii ma prawo nie przyjąć tekstu, jeśli nie spełnia przyjętych wymogów serii.
Etap 2W przypadku pozytywnej opinii redaktora naukowego/komitetu redakcyjnego serii, po potwierdzeniu finansowania, skompletowaniu materiału autorskiego i wstępnej weryfikacji edytorskiej, praca kierowana jest do recenzji samodzielnego pracownika naukowego. Celem recenzji jest ocena teksu, wskazanie błędów i niedociągnięć, wskazanie uwag dla Autora i sformułowanie opinii, czy praca powinna zostać opublikowana w WUJ. W przypadku negatywnej bądź niejednoznacznie pozytywnej oceny recenzenta Wydawnictwo ma prawo odmówić publikacji przedłożonego tekstu.
Etap 3Wydawnictwo w porozumieniu z Autorem i redakcją serii ustala sposób, termin i formę wydania publikacji (
więcej>>), zgodną z założeniami serii oraz proponuje strategię promocji, dystrybucji i upowszechniania treści publikacji, w szczególności o umieszczeniu jej w odpowiednich polskich i międzynarodowych bazach referencyjnych .
Etap 4Autor przekazuje ostateczną wersję pracy (po recenzji, z kompletem zależnych praw autorskich), opracowaną zgodnie z zasadami przyjętymi w Wydawnictwie podczas spotkania z przedstawicielem Dyrekcji, które kończy proces kwalifikowania i rozpoczyna fazę produkcji.